Análises de diversidade genética e padronização de diagnóstico molecular para detecção e quantificação de retrovírus felinos - Biondo, Diezza (My University, 2023)
Feline immunodeficiency virus (FIV) and Feline leukemia virus (FeLV) belong to the Retroviridae family and are the etiological agents of two highly prevalent infectious diseases that affect domestic and wild cats worldwide. FIV infection results in feline acquired immunodeficiency syndrome, which leads to opportunistic infections, neurological diseases and tumors. FeLV infection also leads to a suppression of the activity of the immune system, and the development of lymphomas, secondary infections and a drastic reduction in the life expectancy of cats. Both viruses show high genetic diversity due to recombination events (between different viruses and with endogenous feline sequences) and mutation. The diagnosis of infections in the clinical routine is performed using rapid (immunochromatographic) and molecular tests (mainly PCR, polymerase chain reaction). PCR is the main technique used to detect and quantify these viruses. The present study aimed to analyze the genetic diversity of FIV and FeLV with samples from Genbank and to standardize PCR methods for the detection and quantification of FIV and FeLV in samples from Caxias do Sul/RS. The analysis of the genetic diversity of FIV and FeLV was carried out from sequences deposited in genetic databases. The standardization of PCR assays for the detection and quantification of FIV and FeLV was carried out with the establishment of methods in the laboratory and analysis of blood samples from jugular puncture of domestic cats, previously evaluated with rapid tests (immunochromatographic). The results obtained showed a positive correlation between the tests. The PCR assay for FIV detection showed a sensitivity of 83%, specificity of 96% and a Kappa value of 0.7. In the case of FeLV, the PCR test showed a sensitivity of 69%, a specificity of 80% and a Kappa value of 0.4. In addition, the assays enabled the determination of low and high viral loads, with Cts ranging from 25.3-37.4 for FIV and between 13.4-37.8 for FeLV. The results were consistent for FIV, with the demonstration of recombination events in the evolution of this virus and the existence of six different lineages, disseminated worldwide. On the other hand, it was not possible to analyze FeLV diversity, due to the excessive amount of recombination events in the deposited sequences. These results reinforce the importance of carrying out phylogenetic studies to determine the diversity of these viruses and the need for standardization and validation of Molecular Biology methods for the diagnosis of feline retroviruses. [resumo fornecido pelo autor]
O vírus da imunodeficiência felina (FIV) e o vírus da leucemia felina (FeLV) pertencem à família Retroviridae e consistem dos agentes etiológicos de duas doenças infecciosas com elevada prevalência e que acometem os felinos domésticos e silvestres no mundo todo. A infecção pelo FIV resulta na síndrome da imunodeficiência adquirida dos felinos, o que leva a infecções oportunistas, doenças neurológicas e tumores. A infecção pelo FeLV também leva a uma supressão da atividade do sistema imune, e desenvolvimento de linfomas, infecções secundárias e redução drástica da expectativa de vida dos felinos. Ambos os vírus apresentam elevada diversidade genética devido a eventos de recombinação (entre diferentes vírus e com sequências felinas endógenas) e mutação. O diagnóstico das infecções na rotina clínica é realizado por meio de testes rápidos (imunocromatográficos) e moleculares (principalmente a PCR, polymerase chain reaction). A PCR é a principal técnica utilizada para detecção e quantificação desses vírus. O presente estudo teve como objetivos analisar a diversidade genética de FIV e FeLV com amostras provenientes do Genbank e padronizar métodos de PCR para a detecção e quantificação de FIV e FeLV de amostras provenientes de Caxias do Sul/RS. A análise da diversidade genética de FIV e FeLV foi realizada a partir de sequências depositadas em bancos de dados genéticos. A padronização de ensaios de PCR para detecção e quantificação de FIV e FeLV foi realizada com o estabelecimento dos métodos no laboratório e análise de amostras de sangue oriundo de punção da jugular de gatos domésticos, previamente avaliados com testes rápidos (imunocromatográficos). Os resultados obtidos demonstraram uma correlação positiva entre os testes. O ensaio de PCR para detecção de FIV apresentou sensibilidade de 83%, especificidade de 96% e valor Kappa de 0,7. No caso do FeLV, o ensaio de PCR apresentou sensibilidade de 69%, especificidade de 80% e valor Kappa de 0,4. Além disso, os ensaios possibilitaram a determinação de cargas virais baixas e altas, com Cts variando entre 25,3-37,4 para FIV e entre 13,4-37,8 para FeLV. Os resultados foram consistentes para FIV, com a demonstração de eventos de recombinação na evolução desse vírus e a existência de seis linhagens diferentes, disseminadas mundialmente. Por outro lado, não foi possível analisar a diversidade de FeLV, devido à excessiva quantidade de eventos de recombinação nas sequências depositadas. Esses resultados reforçam a importância da realização de estudos filogenéticos para determinar a diversidade desses vírus e da necessidade da padronização e validação de métodos de Biologia Molecular para o diagnóstico de retrovírus felinos. [resumo fornecido pelo autor]
Keywords: Vírus da Imunodeficiência Felina; Vírus da leucemia felina; Reação em cadeia de polimerase; Filogenia; Gatos - Infecções; Feline immunodeficiency virus; Leukemia Virus, Feline; Polymerase chain reaction; Phylogeny; Cats - Infections