Avaliação in silico de oligonucleotídeos iniciadores e sondas de PCR para detecção de coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 e protoparvovírus de carnívoros - Maciel, Jéssica Gomes (My University, 2022)
Primer-target mismatches are a problem that has been approach by researchers in molecular biology, as it is an interference in primer annealing that can prevent the extension step by DNA polymerase. The viruses that will be discussed here have high SNP frequencies, which can cause primer-target mismatches. SARS-CoV-2 is routinely detected by PCR worldwide. The primers and probe sequences to SARS-CoV-2 detection assays were designed according to the first viral sequences available in early 2020, not including the variants that are currently circulate. Canine parvovirus type 2 (CPV-2) is one of the most relevant gastroenteric diseases in small animal medicine and has a high number of SNPs, even though it is a DNA virus. Viral detection can be performed by snap tests, however, the gold standard for CPV-2 detection is PCR. Therefore, different assays have been described and widely used for the molecular detection of CPV-2 in clinical samples. We used SCREENED software to analyze in silico 12 sets of SARS-CoV-2 detection primers in 3,123 genomes of the Gamma, Delta and Omicron variants detected in Brazil. Likewise, we used SCREENED to analyze in silico 7 sets of primers that detect CPV-2, in 996 genomes, of which 28 were vaccine strains widely used worldwide. Overall, the results for both viruses showed that, although most assays continue to detect positive cases and have high coverage and specificity, some mismatches may already result in false negatives or viral quantification problems. [resumo fornecido pelo autor]
As incompatibilidades (mismatches) primer-alvo são uma problemática que vem sendo cada vez mais abordada por pesquisadores em biologia molecular, por se tratar de um interferente no anelamento do primer que pode impeder a extensão do DNA alvo pela DNA polymerase. Os vírus que serão abordados nesta dissertação apresentam frequências altas de SNP, que podem ocasionar mismatches primer-alvo. O SARS-CoV-2 é detectado rotineiramente por PCR em todo o mundo. As sequências de primers e sondas dos ensaios de detecção de SARS-CoV-2 foram projetadas de acordo com as primeiras sequências virais disponíveis no ano de 2020, ou seja, não incluindo as variantes atualmente circulantes. O parvovírus canino tipo 2 (CPV-2) é uma das doenças gastroentéricas mais relevantes na medicina de pequenos animais e apresenta um número alto de SNP?s, mesmo sendo um vírus de DNA. A detecção viral pode ser realizada por teste rápido, contudo, o padrão ouro de detecção do CPV-2 é a PCR. Por isso, diferentes ensaios têm sido descritos e amplamente utilizados para a detecção molecular de CPV-2 em amostras clínicas. Nesta dissertação, utilizamos o software SCREENED para analisar in silico 12 conjuntos de primers de detecção de SARS-CoV-2 em 3.123 genomas das variantes Gamma, Delta e Omicron, detectados no Brasil. De igual forma, utilizamos o SCREENED para analisar in silico 7 conjuntos de primers que detectam CPV-2, em 996 genomas, onde 28 eram cepas de vacinais amplamente utilizadas no mundo todo. Em geral, os resultados para ambos os vírus mostraram que, embora a maioria dos ensaios continue a detectar casos positivos e apresente alta cobertura e especificidade, algumas incompatibilidades já podem resultar em falsos negativos ou problemas de quantificação viral. [resumo fornecido pelo autor]
Keywords: Reação em cadeia de polimerase; Vírus da SARS; Parvovírus canino; Biologia molecular; Polymerase chain reaction; SARS Virus; Parvovirus canin; Molecular biology