Análise in silico da expressão diferencial de genes em câncer de cabeça e pescoço
Abstract
Câncer de cabeça e pescoço é um termo utilizado como denominação a um grupo de cânceres que ocorrem acima da região da clavícula. Devido a particularidade anatômica estes tipos de cânceres tendem a ser agressivos e desfigurantes. De modo geral, cânceres são patologias de origem genética divergindo o fenótipo celular normal, onde as células se multiplicam descontroladamente, invadem tecidos vizinhos e causam prejuízos ao organismo. As alterações de fenótipos podem ser identificadas por alterações nos padrões de expressão genica do tecido normal de origem. A evolução das tecnologias moleculares tem permitido a obtenção de um maior volume de dados, os quais vêm sendo depositados em repositórios públicos como The cancer genome atlas (TCGA) e Gene expression omnibus database (GEO) para que pesquisadores realizem novas descobertas. Neste sentido, este trabalho visa a identificação de genes diferencialmente expressos (DEGs) em câncer de cabeça e pescoço utilizando dados destes repositórios públicos. Devido a particularidade amostral as análises realizadas foram divididas em 2 grupos: câncer de cavidade oral e câncer de tireoide. Os dados foram organizados e preparados utilizando o ambiente R, e após submetidos a estatística com pontos de corte p <0,05 e log2FC >|1|. Em seguida a identificação dos DEGs realizou-se as curvas de sobrevivência e pesquisa na literatura. Como resultados obteve-se 4 DEGs para câncer de cavidade oral: LOXL2, FAT1, SOD3 e DPT e 12 DEGs para câncer de tireoide: CRABP1, CSGALNCT1, WSCD2, ITM2A, ID3, PAX9, SELENBP1, TNFRS11B, SDPR, LRP1B, MT1F e SGK223. A partir da curva de sobrevivência FAT1, CRABP1, ITM2A e ID3 demonstraram potencial prognóstico. Todos os DEGs identificados possuem referencial teórico demonstrando relações com câncer. CSGALNCT1 possui apenas descrições relacionadas a família gênica. Métodos experimentais são necessários para a confirmação do uso destes genes como biomarcadores. Desta forma, os resultados encontrados apresentam contribuição científica. Ao mesmo tempo em que este trabalho possui potencial a contribuição à pesquisas futuras auxiliando na descoberta de melhores métodos diagnósticos e prognósticos. [resumo fornecido pelo autor]