O presente trabalho apresentou como principal objetivo auxiliar no desenho de oligonucleotídeos (Primers e Sonda), que são utilizados nas técnicas de PCR e de PCR em tempo real, para a detecção de patógenos, especialmente em alimentos, a fim de controlar a qualidade dos alimentos para proteger a saúde dos consumidores. A implementação desenvolvida neste trabalho efetua a leitura de múltiplas sequências de DNA no formato FASTA, sendo uma delas a sequência alvo e as outras sequências similares não-alvo. Posteriormente, é realizado o alinhamento das sequências e as mesmas são comparadas buscando identificar as partes da sequência alvo que apresentam mais diferenças em relação às demais sequências. Essas partes da sequência alvo são utilizadas para o desenho dos oligonucleotídeos. Para o alinhamento das sequências foi utilizada biblioteca BioJava e para a identificação das diferenças foi utilizada a biblioteca Diff Match and Patch, que implementa o algoritmo de Myers. O software desenvolvido apresentou resultados promissores, conseguindo gerar bons desenhos de oligonucleotídeos para sequências pequenas, porém apresenta um consumo excessivo de memória no alinhamento das sequências, inviabilizando a utilização de sequências maiores. [resumo fornecido pelo autor]