Integração de dados e migração web da ferramenta Net2Homology
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2014
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A bioinformática tem disponibilizado cada vez mais ferramentas computacionais capazes de armazenar, recuperar, analisar e comparar grandes volumes de dados biológicos, sendo indispensáveis para a criação de workflows científicos. Os workflows científicos dão suporte às pesquisas, auxiliando na preparação e execução das tarefas cotidianas dos pesquisadores, como a execução de um experimento ou a análise de um conjunto de dados. A aplicação Net2Homology foi desenvolvida como workflow científico que compara duas redes de interação proteína-proteína, de dois organismos diferentes, verificando as estruturas e funções conservadas no processo evolutivo. Um problema dessa aplicação está na integração de dados entre os bancos de dados do NCBI e o banco de dados STRING. Isto acontece no momento da extração da proteína do relatório do BLAST, quando também busca a referência dessa proteína no STRING. Consequentemente, algumas redes de interação são trazidas de forma errônea, impossibilitando a comparação entre elas. Neste trabalho foi proposta e realizada uma integração de dados utilizando um banco de dados local que armazena referências diretas entre os dados dos bancos de dados citados, ao mesmo tempo que a aplicação Net2Homology foi migrada para a plataforma web, utilizando o framework JSF, a biblioteca de componentes PrimeFaces e o servidor web Apache Tomcat (sic).