Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para auxiliar na comparação de redes de proteínas
Loading...
Submission Date
Defense Date
2021-07-02
Edition
Authors
Advisors
Co-Advisors
Editors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Description
A Biologia de Sistemas é uma área interdisciplinar crescente devido a importância em análise de grandes quantidades de dados. Um ramo muito importante dessa área é o estudo das interações entre as proteínas, com o objetivo de compreender melhor os processos que ocorrem entre esses sistemas buscando informações cruciais para o desenvolvimento de novos tratamentos e medicamentos. Essa interação proteica pode ser representada através de redes e o estudo sobre essas estruturas envolve diversas áreas como a teoria dos grafos, matemática discreta e processamento computacional. Um software bastante utilizado na área da Biologia é o Cytoscape que oferece várias operações para interação e análise de redes, mas essas operações possuem algumas restrições. O objetivo desse trabalho foi o desenvolvimento de uma ferramenta que possibilitasse aprimorar as operações de união, intersecção e diferença entre duas ou mais redes de proteínas, analisando-as ao mesmo tempo através de uma técnica de simplificação de redes em conjuntos de dados, com foco principal no desenvolvimento da operação de diferença simétrica. Essa ferramenta foi implementada em C# para ser utilizada via desktop que, através de uma interface gráfica, permite selecionar os arquivos de texto que contém as redes de proteínas e também selecionar as operações a serem aplicadas sobre essas redes, oferecendo respostas com mais informações aos usuários e gerando como resultado um arquivo de texto para cada operação realizada. [resumo fornecido pelo autor]
Abstract
Systems Biology is a growing interdisciplinary area due to its importance in analyzing large amounts of data. A very important branch of this area is the study of interactions between proteins, in order to better understand the processes that occur between these systems, seeking crucial information for the development of new treatments and drugs. This interaction of proteins
can be represented through networks and the study of these structures involves several areas such as graph theory, discrete mathematics and computational processing. A widely used software in Biology is Cytoscape, which offers several interaction and network analysis operations, but these operations have some restrictions. The objective of this work was the development of a tool that could improve the union, intersection and difference operations between two or more protein networks, analyzing them at the same time through a technique of simplification of networks in data sets, with a focus main in the development of the symmetric difference operation. This tool was implemented in C# to be used via the desktop which, through a graphical interface, allows selecting the text files that contain the protein networks and also selecting the operations to be applied in these networks, offering answers with more information to users and generating as a result, a text file for each operation performed. [resumo fornecido pelo autor]